Vinter i Stockholm. Idet barna ved den jødiske barneskolen er i ferd med å avslutte skoledagen, blir en lærerinne skutt i skolegården, foran øynene på sjokkerte barn og foreldre. Samme ettermiddag forsvinner to unge gutter på vei til tennistrening. Et kraftig snøvær har rammet Stockholm og gjør letearbeidet vanskelig. De to sakene blir først etterforsket hver for seg, men da myndighetene får varsel om at en israelsk etterretningsagent har reist inn i Sverige, skjønner Alex Recht og Fredrika Bergman at sakene har noe med hverandre å gjøre. De dras inn i jakten på en morder som er like hensynsløs som effektiv. Eden Lundell, terrorsjef i Säpo, blir også dratt inn i morderens spill. Hun bærer på en hemmelighet som hun prøver å holde skjult for alle. Men i jakten på drapsmannen snus situasjonen mot henne selv, og familien hennes blir utsatt for stor fare. Papirgutten er en intens fortelling, en bladvender med overraskende plot.