I «Skipet med det onde øye» foregår hele den dramatiske handlingen om bord i skipet «Christianus Quintus» noen desember- og januardager i 1706-07.

År 1704: Det dansk-norske slaveskipet "Christianus Quintus" er på vei hjem etter en lang ferd til Afrika og Vest-India. Men få dager før det legger til kai i København forsvinner kaptein Munk sporløst fra skipet. Han blir aldri funnet. Ikke gullet hans heller. To år senere er "Christianus Quintus" igjen på vei sørover mot Afrikas kyst. Thomas av Boueberge og Petter Hortten er ombord - på flukt fra kongen som tror at Thomas er død.

Petter har lovet Sara en ny tilværelse på de fredelige Islas Canarias. Men slik skal det ikke gå.

Julaften inviterer kaptein Bloomfeldt passasjerer og offiserer til middag i sin kahytt. De er tretten til bords. Den natten forsvinner igjen en passasjer fra skipet. Man leter overalt, men han er forduftet. Til Petter Horttens overraskelse synes ingen å bry seg særlig om det. Ikke kapteinen, ikke mannskapet og heller ikke Thomas av Boueberge.

Petter setter i gang sin egen etterforskning og oppdager at det går rykter blant de overtroiske sjømennene om at noen har satt det onde øye på skipet. Og det kan komme til å bli svært truende og klaustrofobisk om bord. Hav og himmel på alle kanter. Og en drapsmann midt i blant dem.